Juntar tudo

Boas!
Passada a fase de tentativa e erro que foi a construção dos circuitos estou em condições de continuar o projecto.
O que tenho vindo a fazer ultimamente foi programar um terminal para Windows que permita receber comandos do utilizador e enviá-los para o microcontrolador para serem executados. Este programa serve apenas para ser usado numa fase de testes visto que, no final, todo o sistema deve aparecer ao utilizador como sendo um comum disco rígido.
Penso que não existem dificuldades de maior a relatar nesta fase pois este programa é bastante simples.